Program Studi Manajemen berdiri sejak tanggal 6 Mei 1999 sesuai SK Dikti nomor 202/DIKTI/Kep/1999 yang berada di bawah Jurusan Manajemen.Fakultas Ilmu Sosial dan Ekonomi (FISE) Universitas Negeri Yogyakarta. Seiring dengan pengembangan Fakultas Ilmu Sosial dan Ekonomi menjadi Fakultas Ilmu Sosial (FIS) dan Fakultas Ekonomi (FE) tanggal 22 Juni 2011 dengan disahkannya Organisasi dan Tata Kerja (OTK) UNY oleh Menteri Pendidikan Nasional berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional RI No. 23 tahun 2011, maka keberadaan Prodi Manajemen berada dibawah Fakultas Ekonomi.  

    Visi Program Studi Manajemen didasarkan pada tujuan pendidikan nasional seperti yang tertuang dalam Undang-undang RI Nomor 20 tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, pada Bab II pasal 3 yang menyatakan bahwa pendidikan nasional berfungsi mengembangkan kemampuan dan membentuk watak serta peradaban bangsa yang bermartabat dalam rangka mencerdaskan kehidupan bangsa, bertujuan untuk berkembangnya potensi peserta didik agar menjadi manusia yang beriman dan bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, berakhlak mulia, sehat, berilmu, cakap, kreatif, mandiri, dan menjadi warga negara yang demokratis serta bertanggungjawab. Disamping itu penyusunan visi juga mengacu kepada visi universitas dan fakultas dengan mempertimbangkan situasi dan kondisi serta capaian yang diharapkan program studi.